ポケモン島の人間進入防止バリアが破られ、突如ポケモン島に現れたポケモンハンター。
ピカチュウの親友、レオンを始め、ポケモン達は次々とハンター達に捕まってしまう。
そんな中、バリア修復のために神の島、中央ポケモン島へとやってきたピカチュウ。そこで出会ったのは神の中の神、ホウオウであった。
ホウオウに協力を求めるピカチュウ。しかし、ホウオウはポケモン島のバリアを壊したのは自分であるという、衝撃の事実を告げる。
果たして、その真意は！？ポケモン島の運命は！？
ホウオウ「くくく・・・。」
ピカチュウ「あ、あんた神だろ！何でそんなことを・・・！バリアが壊れたせいで島のポケモンたちはハンターに襲われてるんだぞ！」
ホウオウ「ああ、それでいい。」
ピカチュウ「！？」
ホウオウ「俺はなあ、一度ポケモン島を綺麗にしようと思っているのだ。」
ピカチュウ「どういうことだ！？」
ホウオウ「思い出してみろ。ここ最近のことを。お前の住む地区だけでも痴漢事件の多発、ストーカー、児童虐待、銀行強盗・・・。ポケモン島の秩序は乱れに乱れている。昔は平和な島だったのにな。
そこで、神である俺は考えた。一度ポケモンを減らして綺麗にし、何も無い状態から一から始めよう、ってな。だから俺はバリアを壊し、人間どもに乱獲という名の掃除をしてもらう道を選んだのだ。」
ピカチュウ「そんな・・・！そこに住んでる善良なポケモンたちはどうなるんだ！」
ホウオウ「知ったことか！荒れたポケモン島を元に戻すにはこれくらいしなければいけないのだ！俺は神だ！貴様も神に従え！神に逆らうな！正しいのはいつも神であるこの俺なのだ！！」
ピカチュウ「ふざけるな！そんなの何の解決にもならない！お前なんか神じゃない！」
ホウオウ「ほざけ！これ以上、貴様と話しても無駄だ。消えろ。」
ホウオウの吹き飛ばし！
ピカチュウ「うわっ！」
クレセリア「オーロラビーム！」
ホウオウ「ぐわっ！」
ピカチュウ「だ、誰！？」
クレセリア「ホウオウ、私のいない間に好き勝手していたようですね。」
ホウオウ「ク、クレセリア様！！」
ピカチュウ「クレセリア！？」
クレセリア「始めまして。私はホウオウの上司、クレセリア。この度は部下がご迷惑をおかけしました。」
ピカチュウ「まだ上司がいたんだ・・・。」
ホウオウ「ひええ〜！お許しくださいクレセリア様！これは私なりにポケモン島をいい島にしようと・・・。」
クレセリア「黙りなさい。大体あなたというポケモンは・・・。ガミガミガミ・・・。」
ピカチュウ「あ、あの〜・・・。それよりも早くバリアを修復したいんですけど・・・。」
クレセリア「申し訳ありません。大変申し上げにくいのですが、あのバリアを修復するには長い長い年月が・・・。」
ピカチュウ「いや、ここにバリアを製造する機械があるんですけど・・・。」
クレセリア「なんと！これはサベルペロートを使用しているのですか？あの鉱石は強い力を持っているのでダークライに守らせていたのですが・・・。」
ピカチュウ「はあ・・・。無理を言ってもらってきちゃったんですが・・・。まずかったですか？」
クレセリア「まあ、悪用していないのなら良いでしょう。ダークライもあなた方を信じてそれを渡したのでしょうし。ふむふむ・・・。しかし、まさかサベルペロートを加工する技術があるとは・・・。」
ピカチュウ「そ、それより！クレセリアさんはこの緊急事態にいったい何してたんですか！？この馬鹿ホウオウがバリア壊すまで！」
ホウオウ「誰が馬鹿ホウオウだ！！神を馬鹿呼ばわりするとは・・・！」
クレセリア「あなたは黙っていなさい。申し訳ありません。私の担当範囲は広いのでここのポケモン島ばかりを見ているわけにいかなかったのです・・・。」
ピカチュウ「他にポケモン島があるの？」
クレセリア「はい。さきほどまでは金星ポケモン島で勃発していた第２次ケーキ争奪大戦を止めに行っていました。」
ピカチュウ「金星にポケモン島！？っていうか事件のレベルしょぼっ！！」
クレセリア「しょぼくありません。下手すれば死人が出るレベルでした。危険度Ｓランクでした。」
ピカチュウ「ケーキ争奪戦で！？」
クレセリア「あ、そういえばケーキを奪われたことに怒って大戦勃発のきっかけを作ったのはあなたと同じピカチュウ族でした。」
ピカチュウ「ぎゃあ〜！同じピカチュウとして恥ずかしい〜！！」
クレセリア「おっと。別の星の部下から連絡が。なんと！海王星ポケモン島で第５３次チャンネル争奪大戦（危険度Ｓランク）が！？すぐに行きます！」
ピカチュウ「海王星！？５３次！？チャンネル！？」
クレセリア「すいません。私は今から海王星に行かなければいけません。」
ピカチュウ「ちょ、ちょっと！こっちだって大変なのに！」
クレセリア「大変心苦しいのですが、仕事の辛いところです。海王星ポケモン島には動ける部下が少ないんですよ。」
ピカチュウ「そ、そんな！っていうかこっちの事件はチャンネル争奪戦以下！？」
クレセリア「そういうことですので失礼します。代わりに部下を派遣いたしますので・・・。と、いうことでホウオウ！しっかりとピカチュウさんをサポートするのですよ！」
ホウオウ「は、はいっ！！」
クレセリアはそう言うと空のかなたへ飛んでいった。
クレセリア「（この島には他にも優秀な部下がいますから・・・。きっと大丈夫でしょう。）」
ホウオウ「・・・。けっ！糞が！」
ピカチュウ「で、どこで装置を使えばいいの？」
ホウオウ「・・・この俺が教えると思うか？」
ピカチュウ「！？だってお前、さっきクレセリアさんにもしかられて懲りただろ！」
ホウオウ「くくく・・・。馬鹿を言うな。俺の計画に変更は無い。クレセリアにはバリア修復が間に合わなかったといっておく。どっちにしろ奴だって島さえよくなれば見直してくれるだろうよ。」
ピカチュウ「そ、そんなわけないだろ！考え直せ！」
ホウオウ「へっへっへ〜！やなこった！あっかんべ〜っ！俺の後ろにある長い石段を登った先が島の中央で、今までもそこでバリアを作っていたなんてこと、誰が教えてやるかよ！」
ピカチュウ「よし、この石段の先だな！」
ホウオウ「ゲ〜ッ！！なんでわかった！？貴様、エスパーか！？」
ピカチュウ「お前が言ったんだろ！」
ホウオウ「ちっ！先回りして邪魔してやる！飛べる俺のほうが石段を一段一段登らなければいけないお前より早いもんね〜！！」
ピカチュウ「あっ！お前！」
一方、島の岸辺に残ってハンターを食い止めているピカノ。
ハンター１号「とりゃっ！マスターボール！」
ピカノ「うわっと！あっぶねえ！」
ハンター１号「なんだ？ボールを避けるのに精一杯だな！捕まるのは時間の問題だな。」
ピカノ「（ピカチュウはそろそろ中央に着いたか・・・？）」
ハンター１号「よし、次は当てるぜ？動きが鈍ってきてるからな。」
ピカノ「へっ。次だと？次はねえよ。」
ハンター１号「あぁ？」
ピカノ「フルパワー破壊光線！！だりゃあああああっ！！！」
ハンター１号「おわっ！！」
破壊光線は大きく外れ、海の果てに消えていった。
ハンター１号「は、ははははは！ビックリさせやがって！どこを狙ってやがる！今度こそ終わりだ！大人しく捕まれ！」
ピカノ「へへへ。後ろを見てみろ。」
ハンター１号「何！？」
ハンター１号の後ろには、ピカノが外した破壊光線の衝撃によって起こった大津波が押し寄せてきていた。
ハンター１号「こ、これを計算して・・・！うわああああああああああ！！！」
ピカノ「へへへ。ちょろいぜ。おっと。こいつの持ってるボールを全部没収しねえとな。さて、ピカチュウはどうしたかな？」
その頃、石段を駆け上がるピカチュウだったが、その頂上付近にホウオウが立ちふさがり、道をふさいでいた。
ホウオウ「へっへっへ！ここは通さんぞ！」
ホウオウの聖なる炎！
ピカチュウ「うわっ！」
ホウオウ「ははははは！」
ピカチュウ「そこをどくんだ！」
ホウオウ「そうはいかん！」
ホウオウの吹き飛ばし！
ピカチュウ「わあ〜っ！！」
石段を転げ落ちるピカチュウ。
ピカチュウ「いてて・・・。機械は？壊れてないか！？」
ホウオウ「け〜っけっけっけ！！必死だなピカチュウ！素直にあきらめろ！ポケモン島は生まれ変わるのだ！」
ピカチュウ「・・・！」
ホウオウ「安心しろ！この神である俺が必ず今よりいい島にしてやる！僕は新世界の神になる！ってか！？」
ピカチュウ「ぐっ・・・！」
ホウオウ「けっけっけ！け〜っけっけっけっけっけ！そうだ！お前はそこで大人しくしてろ！かっかっかっかっかっか！！か〜っかっかっか！」
ピカチュウ「ポケモン島を・・・お前なんかに好き勝手されてたまるか！！」
バチバチバチ・・・！
ホウオウ「かっかっか！ほざけ！お前一人に何が出来る！か〜っかっかっかっかっか！！」
ピカチュウ「うおおおおおおおおおおおおお！！！」
バチバチバチバチバチ・・・！！
ホウオウ「か〜っかっかっか！か・・・・・！？」
バチバチバチバチバチバチバチバチバチバチバチバチバチ！！！
ホウオウ「な、なんだ！？この異常な電気は！？」
ピカチュウ「ピカピカピカピカピカピカピカピカピカ〜ッ！！！」
ピカチュウの周りに激しい電流が走る！
ホウオウ「な、なにいいいいいい〜〜っ！！？」
ピカチュウ「ポケモン島は！僕たちの島だああああああっ！！！」
ピカチュウのボルテッカー！！！
ホウオウ「ぐばあああああああああっ！！！」
ホウオウは派手に吹っ飛んだ！
ホウオウ「ぐふっ！き、貴様あああ・・・！お、俺は・・・！俺は神だぞ・・・！俺は神だぞおおお・・・！」
ピカチュウ「よし！この先だな！」
ホウオウを倒し、石段を登った先には祭壇のような場所があった。何かの残骸のようなものが散らばっているのは、恐らくホウオウの壊した前のバリア製造装置のようなものだろう。
ピカチュウ「・・・ここか？うん、間違いない！ここで装置を起動すればバリアが・・・！」
ピカチュウは祭壇の前に装置を置き、電流を込めた。
ピカチュウ「ピ〜カ〜・・・チュウウウウウウウ！！！」
バリア製造装置はまばゆい光を放った。どうやら成功のようだ。
ピカチュウ「ふう・・・。」
ピカノ「ピカチュウ！今の光・・・成功したんだな！」
ピカチュウ「ピカノ！よかった！無事だったか！」
ピカノ「おうよ！この俺が捕まるかよ！見ろ！しっかり奴らに捕まったポケモン達の入ったボールも取り戻してきたぜ！だが安心するのはまだ早い！おい、まさかへたばっちゃいねえよな？」
ピカチュウ「もちろん！」
ピカノ「よし！捕まれ！ポケモン島に戻るぞ！あいつら全員捕まる前にな！」
ピカチュウ「ピカノ。」
ピカノ「あ？」
ピカチュウ「僕、子供の頃、お前のこと大嫌いで馬鹿ドラゴンで耳糞以下の変な名前の中年ダメ親父だって思ってたけど・・・。」
ピカノ「言い過ぎじゃねえ！？」
ピカチュウ「今は・・・そんなに嫌いじゃないかもしれない。」
ピカノ「・・・・・。へっへっへ。ありがとよ！さあ、行くぞ！」
ホウオウ「ぐふっ。お、おのれ・・・！神をこんな目に合わせおって・・・！いつか天罰を与えてやる・・・！何がバリアだ・・・！もう一度壊してやる・・・！食らえ！聖なる・・・！」
ルギア「よせ。ホウオウ。」
ホウオウ「き、貴様はルギア！離せ！」
ルギア「まだわからないのかホウオウ。お前のやっていることは間違っている。」
ホウオウ「ふん・・・！気に入らんな。俺と同じ地位の神になれる力を持ちながら、ポケモン島の観察役なんて低い地位に甘んじる男、ルギア・・・！長い間ポケモン島暮らしが続いていたせいで奴らに親近感でも持ったか？」
ルギア「ホウオウ。俺はいろんな仕事をしながらいつも彼らを近くから見守っていた。確かに今のポケモン島は荒んでいる部分もある。しかし、それ以上に心優しいポケモンがたくさんいるんだ。本当はお前もわかっているのだろう？」
ホウオウ「黙れ黙れ黙れえええええ！！そんなものわかるか！壊してやる！バリア装置！」
ルギア「・・・そうか。ならばやってみろ。」
ホウオウ「ぐっ・・・！スピードスター！！」
スピードスターは聖なる力によって弾かれた！
ホウオウ「何っ！？」
ルギア「壊せないさ。その装置には伝説の鉱石サベルペロートが使われているんだからな。どうする？まだやってみるか？」
ホウオウ「ぐ、ぐぐぐぐぐぐ・・・！！」
ルギア「いいかげん大人になれ、ホウオウ！お前もポケモンを守るために神になったのだろう！？」
ホウオウ「ううううう・・・！」
涙を流しながらその場にへたれこむホウオウ。
ホウオウ「俺が・・・間違っていたのか・・・！」
ルギア「大丈夫だ。やり直そう。島ではなく、俺たちが・・・。」
ホウオウ「くぅぅぅ〜・・・・・！！」」
ルギア「さて・・・。」
ホウオウ「・・・どこへ行くんだ？ルギア。」
ルギア「仕事さ。レスキューのね。」
その頃、既に捕まったポケモン達を取り戻すべく奮闘しているリザードン達。そこにはまだ捕まっていないポケモン達が２０人ほど隠れていた。
リザードン「しかし、既にずいぶんたくさんのポケモンが捕まったようだな・・・。」
校長「むうう・・・。ワシがもっと若ければ特攻できたんじゃがのお・・・。」
プクリン「そもそも、私たちポケモンはボールを当てられたら一発で終わりですからねえ・・・。」
ニョロゾ「何とかして気づかれないように捕まった皆さんを助け出す必要がありますね。もちろん、相当困難だとは思いますが。」
リザードン「だから今その方法を話し合ってるんだろうがよ！」
ニドキング「しかも、今こうして話し合っている間にハンターが満足して島の外へ出てしまったら、事実上探し出すのは不可能になる・・・。」
リザードン「ぐっ・・・。」
ロコン「皆〜！」
デオキシス「大変大変大変だぜえええええええええいっ！！！」
リザードン「ロコン！デオキシス！テッカニン！ミュウ！たまっち！」
プリン「ロコンちゃん、大丈夫だった！？」
ロコン「プリンちゃん、レオン君が、レオン君があ・・・。」
プリン「レオン君が！？」
ミュウ「しかも、ピカチュウ君は装置を持ってバリアーを作りに海へ・・・。しかもそれを追ってピカノ先生まで・・・。」
プリン「ピカチュウ君が・・・！」
ヘラクロス「ちっ。かっこつけやがって・・・。」
リザードン「ピカノの野郎、帰りが遅いと思ったら・・・！」
プリン「ピカチュウ君、レオン君・・・。」
ヘラクロス「プリン、泣いてるのか・・・？」
プリン「・・・うるっさいわねえ！泣いてないわよ！」
ヘラクロス「いや、泣いてる。プリンの目、大きいからバレバレだ。」
プリン「・・・！」
ヘラクロス「くっそ〜・・・！ハンターめ・・・！プリンを泣かせやがって・・・！許せない・・・！許せない・・・！」
立ち上がるヘラクロス。
ミュウ「ヘ、ヘラクロス君。どこへ行くんだい？」
ヘラクロス「決まってるだろ！ハンターの野郎をぶっ飛ばしてくる！」
ミュウ「待って！気持ちはわかるけど落ち着くんだ！」
ヘラクロス「うおおおおおおおおおおっ！！」
ミュウ「ヘラクロス君！」
リザードン「待て！捕まったら終わりなんだぞ！わかってるのか！！」
ヘラクロス「うるせえ！！捕まるのが怖くてポケモンやってられっか！！！」
プリン「！！」
ヘラクロス「うおおおおおおお！！覚悟しろハンター！！このヘラクロス様が相手だ！！」
リザードン「あの馬鹿・・・！」
プリン「そうよね・・・。こんなところで泣いてても何も変わらないもんね・・・。」
ロコン「プリンちゃん・・・？」
プリン「皆！何やってるの！？いつまでも隠れてばかりで悔しくないの！？」
ポケモン達「！？」
プリン「ピカチュウ君もピカノも危険を承知でバリアの修復に挑んでる！レオン君たちは体を張ってハンターに挑んで捕まった！それなのに私たちは隠れてばかりなの！？」
ヒノアラシ「で、でも僕らまで捕まっちゃったら・・・。」
プリン「捕まったから何よ！？私たち、ポケモン島の仲間でしょ！？誰かが捕まったなら助け出せばいい！自分が捕まったなら仲間が助けてくれるって信じて待つのよ！」
ヒノアラシ「うう・・・。」
プリン「いつまでも捕まることを恐れていたら何も始まらない！それをヘラクロスの馬鹿が教えてくれた！私たちも体を張って戦うの！自分たちの島は、自分たちで守るのよ！！」
リザードン「・・・！そ、そのとおりだ・・・！戦わなければ・・・！」
ミュウ「戦わないと・・・。」
ヒノアラシ「た、た、戦わないと・・・。」
ロコン「私たちも・・・！」
デオキシス「ひゃああああおおおおおおおおおおっ！！やるぜやるぜやるぜえええええええっ！！」
プリン「皆！」
リザードン「よっしゃあ！行くぞお前ら！！ポケモン島の維持を見せてやるんだ！！」
一同「うおおおおおおおおおおおおおおおおおおおおおおおおおおおっ！！！」
ハンター９号「へっへっへ。結構捕まえたな。他のハンターが来る前にもっと張り切って捕まえなきゃな。」
ヘラクロス「うおおおおおおおお！！」
ハンター９号「うわっ！なんだ！？」
ヘラクロスの突進！
ハンター９号「うわあっ！！」
ハンター９号の荷物からモンスターボールが零れ落ちる！
ヘラクロス「この中にポケモンが入ってんだな！みんな出て来い！」
タテトプス「こ、ここは！？」
コロボーシ「で、出られた！外に出られた！間違いない！ポケモン島だ！」
ポッタイシ「君が助けてくれたのか！ありがとう、ありがとう！」
ヘラクロス「よ、よせ！感謝なんかするな！」
マスキッパ（♀）「素敵！惚れたわ！チューしていい？チュー。」
ヘラクロス「ぐわ〜っ！よせ！俺はプリン以外愛せない！」
ハヤシガメ「すいません！僕、台派高校の者なんですが、皆は無事なんでしょうか！？」
ヘラクロス「俺が知るか！今から助けるんだよ！俺は行くが、お前らは怖いならうちの高校の奴らが溜まってる場所でかくまってもらえ！」
ハンター９号「ぐぐ・・・！不意打ちとは卑怯な・・・！くらえ！マスターボール・・・！」
プリン「プリンちゃんナ〜ックル！！！」
ハンター９号「ぐはあっ！！」
プリン「安心しなさい。死なない程度に手加減してあげたから。」
ヘラクロス「プリン！」
プリン「・・・ヘラクロス、あんたのこと、０．０１くらい見直したわ。」
ヘラクロス「だろ！？・・・ん？０・０１！？」
プリン「さあ、行くわよ！」
ヘラクロス「よ、よっしゃあ！」
ハヤシガメ「み、皆さん！僕たちも戦いましょう！」
ポッタイシ「お、おうっ！！」
リザードン「うおお〜っ！！プリン達に続けええええええ！！」
ピカノ「見えたぞ！ポケモン島だ！」
ピカチュウ「な、なんか騒がしくない？まさか何かあったんじゃ・・・。」
ピカノ「・・・いや。」
リザードン「オラオラ〜ッ！！俺はかつてポケモン南高校最強と言われた男！なめてると火傷するぜ！！」
ニョロゾ「わ、私だって！かつてポケモン大学一の秀才と呼ばれた男！なめてると・・・なんかこう・・・痛いですよ！！」
プリン「皆！戦いは勢いよ！ポケモン救出は相手を倒してからでオッケー！とにかく攻撃あるのみよ！！」
ピカチュウ「な、なんか凄いことになってる・・・！」
ピカノ「へっへっへ！そうだ！うじうじ隠れながらチャンスをうかがうなんて俺たちらしくねえ！こっちの方がお似合いってもんだぜ！おい！ピカチュウ！俺らも暴れるぜ！！」
ピカチュウ「よ〜し！！」
とうとうポケモン達の反撃が始まった！物語はいよいよクライマックスだぜ！！
続く
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